SUPERCOMPUTER HELIOS
Veel knipperende lampjes, een wirwar van kabels en een gestaag geruis. Als je de gekoelde ruimte van het datacenter van Amsterdam UMC zou binnengaan, is dat wat je ziet en hoort van Helios. Dit high performance computing cluster is een verzameling van afzonderlijke servers die samen één grote supercomputer vormen.
Tekst: Jasper Enklaar • Foto: Paul Groot
ankzij Helios is de beschikbare rekenkracht in Amsterdam UMC enorm toegenomen, vertellen Daoud Sie, hoofd Bio-informatica van de afdeling Humane Genetica, en Paul Groot, klinisch informaticus bij de afdeling Radiologie en Nucleaire Geneeskunde.
Helios speelt een onmisbare rol in het verwerken van grote hoeveelheden data, bijvoorbeeld binnen de genetica. Een van de onderzoekers die zich hiermee bezighoudt is Yongsoo Kim. Hij richt zich op computational oncogenomics, oftewel genoomanalyse van tumoren. “We ontwikkelen geavanceerde software om nog meer informatie uit DNA-data te kunnen halen. Dat vraagt veel geheugen en servercapaciteit.” Die zijn nu via Helios beschikbaar. “Helios is in feite mijn lab”, zegt Kim. “Dat zo’n infrastructuur professioneel en veilig wordt onderhouden, is voor mij cruciaal.”
Ook de beeldverwerking bij radiologie vraagt veel rekenkracht. Bijvoorbeeld voor het analyseren van MRI- of CT-scans, om automatisch specifieke weefsels, organen of tumoren te herkennen. “Doordat er nu zoveel rekenkracht beschikbaar komt”, vertelt Groot, “kunnen we steeds grotere datasets met hogere resolutie gebruiken.”
AI heeft hierin ook voor een stroomversnelling gezorgd. Om AI-algoritmen te ontwikkelen, heb je speciale hardware nodig: zogenaamde graphical processing units. Die zijn te duur voor individuele onderzoekers of onderzoeksgroepen om aan te schaffen. Sie: “Helios kon gerealiseerd worden dankzij de innovatiegelden van de raad van bestuur. Het project is gezamenlijk uitgevoerd door de afdelingen Humane genetica, Radiologie & Nucleaire geneeskunde, Advanced Compute & Data Core, Research Support en de dienst ICT. Een brede samenwerking dus.”
Niet alleen onderzoekers hebben er baat bij. Helios is ook beschikbaar voor de directe patiëntenzorg, bijvoorbeeld voor kankerdiagnostiek, testen tijdens de zwangerschap (NIPT) en het analyseren van patiëntgesprekken met behulp van AI.
Een bijkomend voordeel van Helios is dat deze supercomputer binnen de muren van Amsterdam UMC staat, vertelt Sie. “Met de actuele geopolitieke spanningen realiseren we ons dat we een bepaalde mate van autonomie nodig hebben. Tegelijk moeten we voorzichtig omgaan met de gevoelige data waar wij mee werken. Die zijn binnen de muren van Amsterdam UMC een stuk veiliger dan daarbuiten.” •
SUPERCOMPUTER HELIOS
ankzij Helios is de beschikbare rekenkracht in Amsterdam UMC enorm toegenomen, vertellen Daoud Sie, hoofd Bio-informatica van de afdeling Humane Genetica, en Paul Groot, klinisch informaticus bij de afdeling Radiologie en Nucleaire Geneeskunde.
Helios speelt een onmisbare rol in het verwerken van grote hoeveelheden data, bijvoorbeeld binnen de genetica. Een van de onderzoekers die zich hiermee bezighoudt is Yongsoo Kim. Hij richt zich op computational oncogenomics, oftewel genoomanalyse van tumoren. “We ontwikkelen geavanceerde software om nog meer informatie uit DNA-data te kunnen halen. Dat vraagt veel geheugen en servercapaciteit.” Die zijn nu via Helios beschikbaar. “Helios is in feite mijn lab”, zegt Kim. “Dat zo’n infrastructuur professioneel en veilig wordt onderhouden, is voor mij cruciaal.”
Ook de beeldverwerking bij radiologie vraagt veel rekenkracht. Bijvoorbeeld voor het analyseren van MRI- of CT-scans, om automatisch specifieke weefsels, organen of tumoren te herkennen. “Doordat er nu zoveel rekenkracht beschikbaar komt”, vertelt Groot, “kunnen we steeds grotere datasets met hogere resolutie gebruiken.”
AI heeft hierin ook voor een stroomversnelling gezorgd. Om AI-algoritmen te ontwikkelen, heb je speciale hardware nodig: zogenaamde graphical processing units. Die zijn te duur voor individuele onderzoekers of onderzoeksgroepen om aan te schaffen. Sie: “Helios kon gerealiseerd worden dankzij de innovatiegelden van de raad van bestuur. Het project is gezamenlijk uitgevoerd door de afdelingen Humane genetica, Radiologie & Nucleaire geneeskunde, Advanced Compute & Data Core, Research Support en de dienst ICT. Een brede samenwerking dus.”
Niet alleen onderzoekers hebben er baat bij. Helios is ook beschikbaar voor de directe patiëntenzorg, bijvoorbeeld voor kankerdiagnostiek, testen tijdens de zwangerschap (NIPT) en het analyseren van patiëntgesprekken met behulp van AI.
Een bijkomend voordeel van Helios is dat deze supercomputer binnen de muren van Amsterdam UMC staat, vertelt Sie. “Met de actuele geopolitieke spanningen realiseren we ons dat we een bepaalde mate van autonomie nodig hebben. Tegelijk moeten we voorzichtig omgaan met de gevoelige data waar wij mee werken. Die zijn binnen de muren van Amsterdam UMC een stuk veiliger dan daarbuiten.” •
Tekst: Jasper Enklaar • Foto: Paul Groot
Veel knipperende lampjes, een wirwar van kabels en een gestaag geruis. Als je de gekoelde ruimte van het datacenter van Amsterdam UMC zou binnengaan, is dat wat je ziet en hoort van Helios. Dit high performance computing cluster is een verzameling van afzonderlijke servers die samen één grote supercomputer vormen.
